小規模事業者持続化補助金には、賃上げに取り組む事業者を後押しする仕組みが複数用意されています。なかでも「賃金引上げ特例」は、条件を満たせば補助金の上限額が150万円も引き上がる、見逃せない制度です。この記事では、2026年10月時点で公開されている第20回公募の公募要領をもとに、賃上げに関する特例・加点の内容、対象となる従業員の要件、注意点をわかりやすく整理します。

1小規模事業者持続化補助金における「賃上げ」の制度は2つある

小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞では、「賃上げ」に関連する制度が大きく分けて2つあります。混同しやすいので、まず整理しておきましょう。

• 賃金引上げ特例：補助金の上限額そのものが150万円上乗せされる特例。赤字事業者はさらに補助率も引き上がります。
• 賃金引上げ加点：採択審査で有利になる「政策加点」の1つ。補助上限額は上がりませんが、採択されやすくなります。

このほかに、地域の最低賃金に近い水準で雇用している事業者向けの「地域別最低賃金引上げ加点」という政策加点もあります。それぞれ要件が異なるため、順番に見ていきましょう。

加点項目全体の種類や選び方については、加点項目一覧と採択率アップのコツで一覧を整理しています。

2賃金引上げ特例：補助上限が150万円アップする重要な特例

「賃金引上げ特例」は、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞の特例のなかでも、上乗せ額が最も大きい制度です。第20回公募（2026年11月5日受付開始、2026年12月15日17:00締切）の公募要領では、以下のとおり整理されています。

さらにインボイス特例（50万円上乗せ）もあわせて満たす場合は、通常枠50万円に両特例分200万円が上乗せされ、最大250万円まで補助上限が広がります。賃上げを検討している事業者にとって、この150万円の上乗せは非常に大きなインパクトがあります。

賃上げの比較期間

第20回公募では、2027年4月1日から補助事業実施期限日（2028年3月31日）までの12か月と、その前年同月の12か月を比較して、1人あたり給与支給総額の年平均上昇率を算出します。申請者自身で「1人あたり給与支給総額目標値」を設定し、採択後交付決定までに全従業員または従業員代表者・役員に表明したうえで、実績報告の時点で目標を達成している必要があります。

対象となる従業員の要件（必ず確認）

賃金引上げ特例でいう「従業員」は、小規模事業者の要件（常時使用する従業員5人以下・20人以下など）でいう「常時使用する従業員」とは定義が異なります。申請時に混同しやすいポイントなので、必ず確認してください。

また、比較対象期間を通じて、事業場内最低賃金が地域別最低賃金以上であることも要件とされています。給与支給総額には、給料・賃金・残業代・賞与等を含みますが、福利厚生費・法定福利費・退職金は含まれません。

赤字事業者はさらに補助率が3/4へ

賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、直近1期（法人）または直近1年間（個人事業主）の課税所得金額がゼロ以下、つまり赤字の場合は、補助率が2/3から3/4に引き上がります。あわせて、採択審査では「赤字賃上げ加点」という重点政策加点も自動的に適用され、優先的に採択される仕組みになっています。業績が厳しいなかでも賃上げに取り組む事業者を強く後押しする設計といえます。

法人の場合は直近1期の法人税申告書の別表一・別表四の写し、個人事業主の場合は直近1年分の確定申告書第一表の写しが、追加の提出書類として必要です。

3賃金引上げ加点：採択の可能性を高める政策加点

補助上限額には影響しませんが、採択審査で有利になる「賃金引上げ加点」という政策加点もあります。賃金引上げ特例とは別の制度なので、条件も分けて確認しておきましょう。

賃金引上げ加点は、2027年4月1日から補助事業実施期限日までの12か月とその前年同月の12か月を比較し、1人あたり給与支給総額を年平均2.0%以上増加させる計画を立てることが条件です。対象となる従業員の考え方（非常勤を含み、代表者・役員・専従者は除くなど）は、賃金引上げ特例とほぼ共通しています。こちらも、実績報告時点で目標を達成できなかった場合は補助金が交付されない点に注意してください。

4地域別最低賃金引上げ加点にも触れておきたい

このほか、事業場内で働く従業員の賃金が地域別最低賃金に近い水準にある事業者が、その賃金を引き上げた場合に採択審査で加点される「地域別最低賃金引上げ加点」という政策加点もあります。対象となる従業員の賃金台帳（連続する3か月分）や雇用条件が分かる書類の提出が必要で、対象期間の考え方は最低賃金の改定時期によって異なります。こちらも補助上限額を直接引き上げる制度ではなく、採択審査上の加点である点は賃金引上げ加点と同じです。詳細な要件は、公募要領の該当箇所で必ず確認してください。

5賃上げに関する特例・加点のまとめ

こうして並べてみると、賃金引上げ特例は「補助上限そのものを150万円引き上げる」唯一の制度であり、賃上げを検討している事業者にとって最優先で検討する価値がある仕組みだとわかります。すでに賃上げを計画している、あるいは最低賃金の上昇に合わせて給与水準の見直しを考えている事業者は、この特例の活用をぜひ検討してみてください。

6申請の流れとスケジュール（第20回公募）

賃金引上げ特例を希望する場合も、申請の基本的な流れは通常枠と同じです。第20回公募のスケジュールは以下のとおりです。

賃金引上げ特例を希望する場合は、申請時に電子申請システムの「賃金引上げ特例の希望」を選択し、「賃金引上げ特例・賃金引上げ加点の申請に係る誓約・同意書（様式7）」にチェックします。採択後は、給与支給総額基準値の算定情報の入力や、採択発表日を含む月を終点とした連続12か月分の賃金台帳の写し、雇用条件（所定労働時間・年間休日）が分かる書類の提出が必要になります。実績報告時にも、補助事業実施期限日を終点とした12か月分の賃金台帳の写しなどの提出が求められます。

7よくある失敗・注意点

8まとめ

小規模事業者持続化補助金には、賃上げに取り組む事業者向けに「賃金引上げ特例」「賃金引上げ加点」「地域別最低賃金引上げ加点」という複数の制度が用意されています。なかでも賃金引上げ特例は、年平均3.0%以上の賃上げ計画によって補助上限額を150万円引き上げられる、非常に効果の大きい制度です。赤字事業者であれば補助率も3/4に引き上がり、優先的な採択も期待できます。

一方で、対象となる従業員の数え方や、実績報告時の達成要件など、通常枠だけの申請に比べて確認すべき項目が増えるのも事実です。賃上げを検討している場合は、自社の従業員構成や給与体系が条件に合うかどうかを早めに確認しておくことをおすすめします。制度の数値・要件は公募回ごとに変わる可能性があるため、申請前には必ず最新の公募要領をご確認ください。

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